Niklas Graf Salm hielt die Herrschaft als Pfandbesitz seit 1502. Für seine Verdienste um die Stadt Wien, die er bei der ersten Türkenbelagerung 1529 erfolgreich verteidigt hatte, wurde ihm Marchegg auch für seine Nachkommen bestätigt. In einem Revers, den Heinrich von Roseck am 25. August 1523 ausstellte, als ihm Schloss und Landgericht Marchegg verliehen wurde, verpflichtete er sich, zu Kriegszeiten die Bewohner, egal ob Christen oder Juden, in das Schloss aufzunehmen. Die Notwendigkeit dieser Maßnahmen zeigte sich schon 1529, also nur sechs Jahre später, als die Türken Marchegg eroberten. Das befestigte Schloss wurde schwer beschädigt aber leistete erfolgreich Widerstand, während die Stadt vollständig zerstört wurde.
Niklas Graf Salm starb bereits 1530 an einer beim Kampf um Wien erlittenen schweren Fußverletzung im nahe gelegenen Salmhof. Es dauerte bis 1568, bis sein gleichnamiger Sohn die Burg wieder bewohnbar machen konnte.
Zu Beginn des 17. Jahrhunderts verwüsteten ungarische Rebellen neuerlich den Besitz.
1621 übergab Kaiser Ferdinand II. die Herrschaft dem Präsidenten der ungarischen Hofkammer, Graf Paul Pálffy von Erdöd, pfandweise. Zwei Jahre später befand sie sich bereits in seinem Eigenbesitz. Durch seine geschickte Politik gelang es ihm, in der Westslowakei einen riesigen Grundbesitz mit dem Zentrum Malatzka (Malacky) zu erwerben. Er ließ bis 1628 die alte Burg Marchegg mit Ausnahme eines Turms abtragen und unter Verwendung einiger alter Mauern ein neues viereckiges Wasserschloss errichten. Thomas Graf PáIffy, Bischof von Erlau, weihte am 2. Jänner 1661 die Kapelle im Schloss.
Um 1715 beauftragte Palatin Nikolaus V. Graf Pálffy ab Erdöd den Wiener Baumeister
Christian Alexander Oedtl mit der Barockisierung der Anlage. Der Wassergraben wurde
zugeschüttet, der Mauerring mit dem Schlosstor sowie die runde Eckbastion und die Türme
an der Ostseite wurden abgetragen. Die Südfront erhielt ihre heutige Barockfassade. Das
Schloss diente der Familie Pálffy ab Erdöd in den nächsten zwei Jahrhunderten vorwiegend
als Jagdschloss und Sommersitz. Unter den Jagdgästen befanden sich häufig Mitglieder der
Kaiserfamilie wie Josef I., Maria Theresia und Franz Stephan von Lothringen.
1807 wurde Karl Graf Pálffy ab Erdöd in den Fürstenstand erhoben. Als nach dem
Ersten Weltkrieg Pressburg und das Familienzentrum Malatzka an die Tschechoslowakei fielen,
verlegte Nikolaus Fürst Pálffy ab Erdöd seinen Herrschaftssitz nach Marchegg.
1945 entstanden durch Artillerietreffer und Plünderungen so große Schäden am Schloss,
dass dessen Abbruch bereits genehmigt worden war. Das Inventar war völlig abhanden
gekommen. Die Besatzungsmacht benützte neben anderen Gebäuden auch das Schloss als
Militärlazarett. Nach der Räumung im Jahre 1946 waren die Innenräume des stark in Mit-
leidenschaft gezogenen Schlosses völlig leer.
Mit dem Tod von Ladislaus Fürst Pálffy ab Erdöd starb 1947 die Marchegger Linie der Familie aus.
Der Gutsbesitz mit dem Schloss ging als Erbe in Privatbesitz über. Für die Erbin, Frau Anna Elisabeth Schönauer, war das arg beschädigte und ausgeplünderte Schloss eine hohe Belastung, da es bloß Steuern, Abgaben und Erhaltungskosten, hingegen keine Einnahmen brachte. Der Besitzerin blieb kein anderer Ausweg, als den Demolierungsantrag zu stellen. Daraufhin entstand unter der Bevölkerung von Marchegg eine große Empörung. Inzwischen hatte eine Wiener Baufirma mit der Demolierung begonnen. Ziegelrutschen waren angelegt, auf denen der Schutt, mächtige Staubwolken aufwirbelnd, herunterrutschte. Fußböden, Fenster und Türstöcke wurden herausgerissen. Die Bevölkerung ergriff abermals die Initiative, um das Schloss doch noch vor dem drohenden Schicksal zu retten.
Mit dem Beschluss des Gemeinderates von 1953, der Spendenaktion der
Bevölkerung, sowie mit Hilfe des Landes, konnte das Schloss endlich erworben und
damit gerettet werden.
Am 13. September 1959 fand die feierliche Eröffnung des dem nieder-
österreichischen Landesmuseum angeschlossenen Jagdmuseums im Schloss
Marchegg statt.
Seit der Schließung des Museums im Jahr 2000 wird das Schloss mit seinen
Nebengebäuden als Veranstaltungsräumlichkeiten für Konzerte und Ausstellungen
genutzt. Teile des Schlosses werden noch immer als Wohnungen verwendet.
2008 wurde ein neuerlicher Versuch gestartet, das Schloss Marchegg einer Revitalisierung zuzuführen.